Mùa giải 2026 có sự tham dự của 14 đội bóng, gồm 9 đội tiếp tục thi đấu tại giải hạng Nhì QG từ mùa giải 2025 là Đắk Lắk, Mê Kông Cần Thơ (chuyển giao từ CLB Hoài Đức), Lâm Đồng, Quảng Ngãi (đội Kon Tum trước đây), PVF, Tây Ninh, Trẻ Hà Nội, Trẻ SHB Đà Nẵng và Vĩnh Long; đội Huế xuống hạng từ Giải hạng Nhất quốc gia mùa giải 2024/25; cùng 4 đội thăng hạng từ giải hạng Ba quốc gia 2025 là Trẻ Phù Đổng, Trẻ Công an Hà Nội, Trung tâm Huấn luyện & thi đấu TDTT Hà Tĩnh và Trường Giang Gia Định.
Các đội được chia vào hai bảng, mỗi bảng 7 đội căn cứ theo khu vực địa lý và đăng ký sân thi đấu. Bảng A gồm: Trẻ CAHN, Trẻ Hà Nội, Trẻ Phù Đổng, PVF, TTHL&TĐ TDTT Hà Tĩnh, Huế và Trẻ SHB Đà Nẵng. Bảng B gồm: Mê Kông Cần Thơ, Vĩnh Long, Trường Giang Gia Định, Tây Ninh, Quảng Ngãi, Đắk Lắk và Lâm Đồng.
Theo thể thức thi đấu, các đội thi đấu vòng tròn hai lượt (sân nhà – sân khách) ở vòng loại để tính điểm và xếp hạng trong từng bảng. Hai đội có thứ hạng cao nhất ở mỗi bảng sẽ giành quyền vào VCK. Tại VCK, bốn đội phân cặp thi đấu loại trực tiếp để xác định ba đội giành quyền thăng hạng lên giải hạng Nhất QG mùa giải 2026/27.
