Nyhavn được xây dựng vào cuối thế kỷ 17, thời kỳ Đan Mạch phát triển mạnh cả về thương mại và công nghiệp. Trước khi Bến Cảng Nyhavn ra đời, Copenhagen chỉ có các cảng nhỏ lẻ, chưa kết nối đồng bộ giữa các khu vực trong thành phố. Vào năm 1670, vua Christian V của Đan Mạch đã quyết định xây dựng Nyhavn, tạo thành đường thủy kết nối trực tiếp thành phố với biển Baltic.