Mẫu SUV đô thị này có mức giá niêm yết là 579 triệu rupiah (khoảng 850 triệu đồng), chênh lệch khoảng 18,4% so với biến thể HR-V RS e:HEV tiêu chuẩn.
Khác biệt lớn nhất trên Honda HR-V Mugen nằm ở danh sách phụ kiện ngoại thất được nâng cấp nhằm tăng tính khí động học và vẻ hầm hố cho xe. Phiên bản này chỉ phân phối duy nhất với tùy chọn màu sơn trắng Platinum White Montone, đi kèm bộ bodykit khí động học từ Mugen bao gồm ốp cản trước, ốp cản sau, ốp lườn hai bên và cánh gió phía sau.
Bên cạnh đó, phần thân xe được điểm xuyết bằng bộ tem trang trí đặc trưng của Mugen, ốp gương chiếu hậu bằng sợi carbon cùng logo nhận diện riêng ở khu vực cửa hậu. Phía sau đuôi xe được trang bị hệ thống ống giảm thanh Mugen RS Sport. Hãng xe Nhật Bản cũng bổ sung thêm vè che mưa cửa và các chi tiết logo thương hiệu, tên xe cũng như biểu tượng hệ truyền động e:HEV sơn màu đen nổi bật.
So với ngoại thất, không gian cabin của HR-V Mugen nhận được ít sự thay đổi hơn. Honda chỉ bổ sung bộ thảm trải sàn chuyên dụng và ốp bậc cửa tích hợp logo Mugen cho cả hai hàng ghế trước sau nhằm tạo điểm nhấn khác biệt.
Về mặt vận hành, xe không có sự nâng cấp về mặt hiệu suất mà giữ nguyên hệ thống động cơ hybrid từ bản RS e:HEV với sự kết hợp của động cơ xăng 4 xi-lanh 1.5L hút khí tự nhiên (106 mã lực, 127 Nm) với mô tơ điện (131 mã lực, 253 Nm).
Trong điều kiện di chuyển thông thường, động cơ đốt trong chủ yếu vận hành như một máy phát điện để nạp năng lượng cho bộ pin và cung cấp cho mô-tơ. Ở dải tốc độ phù hợp, động cơ xăng sẽ truyền động trực tiếp tới bánh xe thông qua hộp số tự động vô cấp E-CVT. 
